Universitas Muhammadiyah Magelang awali implementasikan SAPTO pada program studi Mu’amalah. Aplikasi Sistem Akreditasi Perguruan Tinggi Online (SAPTO) yang baru-baru ini disosialiasikan oleh BAN-PT di seluruh Indonesia, langsung ditindaklanjuti oleh UMMagelang. Sistem Akreditasi Perguruan Tinggi Online sangat membantu dalam proses pengajuan borang akreditasi. SAPTO Universitas Muhammadiyah Magelang dikelola oleh Kepala Bidang Penjaminan Mutu Ekternal (SPME) di bawah Badan Penjaminan Mutu. Pengunggahan borang Akreditasi ke SAPTO disaksikan oleh tim penyusun borang/Ketua program studi yang disertai penandatanganan dalam berita acara pengunggahan. Status Submit ketika berhasil mengunggah borang.