Hasil evaluasi kinerja seluruh unit di Universitas Muhammadiyah Magelang dibedakan menjadi 2 (dua) kelompok, yaitu kinerja UPPS dan program studi serta kinerja unit. Indeks kinerja UPPS dan program studi diukur melalui instrumen AMAI. Demikian juka indeks kinerja unit kerja diukur dengan instrumen AMNAI (Audit Mutu Non Akademik Internal), dimana keduanya telah terintegrasi dalam Sistem MOQASS (My Online Quality Assurance Support System) Unimma.
Untuk UPPS (Unit Pengelola Program Studi)/ Fakultas, hasil evaluasi kinerja periode tahun 2020-2021 secara umum sebesar 321.05.
Evaluasi kinerja unit Program Studi periode 2020-2021 menggunakan Parameter 9 (sembilan) Kriteria Akreditasi BAN PT dan LAM PT. Indeks capaian kinerja dengan parameter BAN PT dan LAM PT untuk 22 program studi unimma bergerak antara 242.99 – 367.21 dan rata‐rata nilai capaian kinerja seluruh program studi sebesar 319.35. Persentase tingkat ketercapaian kinerja secara umum sebesar 85.55%.
Untuk Unit Kerja (Lembaga, Badan, Kantor, UPT dan Biro), hasil evaluasi kinerja periode 2020-2021 secara umum skor sebesar 273.83.
