Badan Penjaminan Mutu menyelenggarkan kegiatan audit mutu internal AMAI dan AMNAI Tahun Akademik 2021-2022. AMI adalah proses pengujian yang sistematik, mandiri, dan terdokumentasi untuk memastikan pelaksanaan kegiatan di PT sesuai prosedur dan hasilnya telah sesuai dengan standar untuk mencapai tujuan institusi. Audit Mutu Internal (AMI) di Universitas Muhammadiyah Magelang terdiri dari 21 Program Studi dan 17 Unit Kerja. Tujuan Audit Mutu Internal untuk mendapatkan ruang peningkatan pada aspek yang ditetapkan sebagai lingkup audit, pemenuhan atau perbaikan sistem mutu sesuai ruang peningkatan yang didapatkan dalam audit mutu perlu secara periodik untuk menjadikan institusi berkualitas.