Setelah melaksanakan pelatihan dan seleksi Auditor, akhirnya Universitas Muhammadiyah Magelang melaksankan audit mutu internal pertama, yaitu mulai tanggal 18 sampai 23 Oktober 2010. Untuk periode pertama ini sasaran auditnya adalah program studi, yang berjumlah 15.
Sesuai dengan pelaksanaan penjaminan mutu Universitas Muhammadiyah Magelang yang menggunakan standar SNP PP.19/2005 dengan sasaran berdasarkan matrik penilaian borang standar BAN-PT tahun 2009 serta menggunakan mekanisme ISO 9001:2008, maka goal yang akan dicapai dalam audit ini adalah tercapainya Akreditasi untuk semua program studi.
Untuk selanjutnya Audit ini akan menjadi agenda rutin Badan Penjaminan Mutu Universitas Muhammadiyah Magelang.