Badan Penjaminan Mutu sebagai salah satu orgnisasi di Universitas Muhammadiyah Magelang yang menjadi objek dari hasil Program Hibah Kompetisi Institusi (PHKI), dalam tiga tahun terakhir menjalankan kegiatan sesuai degan Rencana Implementasi Program (RIP). Namun salah satu point yang harus dipahami dalam PHKI adalah keberlanjutan, yaitu program-program kerja yang didanai PHKI harus dapat dilanjutkan tanpa dana dari Pemerintah.
Dalam rangka itulah, pada tahun anggaran 2009-2010, BPM secara bertahap dan terstruktur, mulai meng’embeded’ kegiatannya dengan kegiatan rutin universitas. BPM akan menjadi pengawal dan pengembang pelaksanaan penjaminan mutu di UMM. Salah satunya adalah menjamin akreditasi program studi yang menjadi ‘tanggungan’ BPM. Target berikutnya, BPM akan mengawal proses akreditasi program studi dengan tujuan semua progra studi telah terakreditasi pada tahun 2012. Target ini sejalan dengan kebijakan pemerintah yang mewajibkan semua program studi terakreditasi tahun 2012..