Sistem Penjaminan Mutu Universitas Muhamamdiyah Magelang melakukan Kegiatan yang wajib dilakukan dalam pelaksanaan SPMI antara lain: pemantauan, evaluasi dan audit. Untuk kelancaran proses audit mutu internal maka disusun Instrumen Audit Mutu internal.Tujuan umum sebagai evaluasi pelaksanaan mutu di semua prodi khususnya dipendidikan dan pengajaran. Yang membahas tentang peralihan SPMI yang lama dan SPMI yang baru. Mutu di nilai dari 3 standar minimal yaitu : standar pendidikan, penelitian, dan pengabdian.